Hi-C 測序
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法， 研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系， 獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。
（引自Pueschel R, Coraggio F, et al. From single genes to entire genomes: the search for a function of nuclear organization. Development , 2016 , 143 (6) :910）
武漢金開瑞生物工程有限公司技術顧問、華中農業大學教授，曹罡課題組與華中農業大學李國亮教授課題組在國際著名期刊Nature Genetic（IF=27.125）上聯合發表題為“Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture”的研究論文。該論文主要介紹了一種新的染色體構象捕獲技術（DLO Hi-C），此技術信噪比高，質量控制于早期，為解析基因組三維結構提供了一種新型、高效、經濟的研究方法。金開瑞現推出了10萬個細胞水平的Hi-C建庫，實現低起始量的Hi-C建庫專業化和標準生信分析服務。
DLO Hi-C技術使全基因組染色體構象捕獲實驗的成本大大的降低，同時簡化了實驗步驟，使得實驗成功率顯著提高，對輔助基因組組裝、解析基因組遠程調控元件的功能、理解疾病易感位點以及檢測染色體結構變異有著重要的意義。Nature Genetics同期發表專門評論性文章，對曹罡教授及其合作者的研究工作給予了較高評價“Lin et al. introduce an elegant dual-linkerstrategy that allows for noise filtering and early quality control.”
DLO Hi-C服務流程
特點：在測序量更少情況下，染色質結構分析數據更多，簡化文庫構建過程，提升建庫成功率。
技術優勢
● 微量細胞建庫：正常建庫與生信分析的樣本量可低至10萬個核
● 高成功率：細胞樣本文庫構建成功率幾乎為100%
● 建庫周期短：只需執行兩輪簡單的消化和連接步驟即可獲得高質量的文庫。
● 數據更準確：測序前質檢，確保數據準確性
● 分辨率更高：在測序數據量更少的情況下，互作矩陣分辨率更高，染色質結構分析得到的數據也更多
● 較高的信噪比：使用多種措施來減少噪音，保證高質量的數據輸出，分析更準確
● 量身定制個性化分析方案：提供DLO Hi-C的標準分析外，更注重與RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq和甲基化等多組學表觀遺傳分析，提供個性化的生信分析方案
研究思路
Hi-C可以與RNA-Seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq等數據進行聯合分析，從基因調控網絡和表觀遺傳網絡來闡述生物體性狀形成的相關機制。
結果展示
1、幾種不同的Hi-C衍生方法的對比分析
2、幾種不同的Hi-C的衍生方法的矩陣圖
3、較優的三種Hi-C衍生技術的A/B compartments 、TADs、Loops的數據讀取。
（引自Lin D, Hong P, et al. Digestion-ligation-only Hi-C is an efficient and cost-effective method for chromosome conformation capture. Nature Genetics, 2018 , 50 (5)）.
應用案例
| 題目 | 期刊 | 影響因子 | 實驗方法 | 關鍵詞 |
|---|---|---|---|---|
| LHX2-and LDB1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice | Nature | 41.577 | Hi-C+RNA-seq +ChIP-seq | 小鼠嗅覺感受器、成熟嗅覺神經元、FAC、水平基底細胞 |
| Genetic determinants of co-accessible chromatin regions in activated T cells across humans | Nature Genetics | 27.125 | Hi-C+RNA-seq +ATAC-seq | T細胞、CD4+T細胞、免疫性疾病、eQTL |
| Attenuated chromatin compartmentalization in meiosis and its maturation in sperm development | Nature Structural &Molecular Biology | 13.333 | Hi-C+ RNA-seq+ ChIP-seq | 減數分裂、精子細胞、三維染色質分隔減弱 |
| Promoter interactome of human embryonic stem cell-derived cardiomyocytes connects GWAS regions to cardiac gene networks | Nature Communications | 12.353 | Hi-C+ GWAS+Western blot+CRISPR/Cas9 | 干細胞、心肌細胞、心臟基因網絡 |
| Integration of human adipocyte chromosomal interactions with adipose gene expression prioritizes obesity-related genes from GWAS | Nature Communications | 12.353 | Hi-C+GWAS+eQTL | 脂肪細胞、染色質、肥胖基因、PPARG和CEBPB |
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